Unter Führung Kursachsens und Hessens hatte sich im Jahre 1531 ein Bündnis von protestantischen Landesfürsten und Städten gebildet, um sich gegen die Religionspolitik Kaiser Karls V. zu verteidigen. Dieser sogenannte Schmalkaldische Bund gewann recht schnell an Mitstreitern und somit an Macht.
Im Jahre 1546 eskalierte der Kampf zwischen Kaiser Karl V. und den protestantischen Kräften und der Schmalkaldische Krieg brach aus. Ursprünglich im süddeutschen Raum geführt, verlagerte sich der Krieg recht bald in den sächsisch-thüringischen Raum.
Auch Halle blieb von diesem Krieg nicht verschont. Die Truppen beider Konfliktparteien zogen mehrfach in und durch die Stadt und ließen sich verproviantieren und unterstützen.
Der Krieg endete am 23. Mai Ao. 1547 mit dem Sieg des Kaisers und der Wittenberger Kapitulation des Kurfürsten Johann Friedrichs I. von Sachsen.
Erzbischof Johann Albrecht, seit 1545 im Amt, hielt sich während der Kriegshandlungen in seiner Residenz, der Moritzburg zu Halle, auf und gewährte Herzog Moritz von Sachsen, der auf kaiserlicher (also katholischer) Seite kämpfte, Einzug und Einquartierung seiner Truppen in der Stadt.
Einige Wochen nach Abzug der kaiserlichen Truppen aus Halle stand Kurfürst Johann Friedrich I. von Sachsen mit allerhand Kriegsvolk vor dem hallischen Claustor und forderte die Übergabe der Stadt. Am 01. Januar Ao. 1547 zog Kurfürst Johann Friedrich I. in die Stadt und nahm auf dem Rathaus die Huldigung der Ratsherren und Bürger ein. Erzbischof Johann Albrecht war auf der Moritzburg festgesetzt worden.
In den folgenden Tagen verhandelten Kurfürst Johann Friedrich I. und Erzbischof Johann Albrecht um die Auflassung der erzbischöflichen Güter an den Kurfürsten. Johann Albrecht musste das Erzstift Magdeburg und das Stift Halberstadt übergeben und die Stadt Halle verlassen. Am 11. Januar Ao. 1547 zog Erzbischof Johann Albrecht mit seinem Gefolge aus der Stadt und nahm in Würzburg Residenz.
Nach Ende des Krieges und nach Unterwerfung und Gefangennahme seiner Gegner, Herzog Johann Friedrich I. von Sachsen (die Kurfürstenwürde war ihm genommen worden) und Landgraf Philipp I. von Hessen, zog Kaiser Karl V. nach Augsburg und berief für den 17. September Ao. 1547 einen Reichstag ein.
Während dieses Augsburger Reichstages, der bis weit in das Jahr 1548 dauerte, ließ Kaiser Karl V. ein Diplom fertigen, welches mit Wirkung vom 12. Juli Ao. 1548 Erzbischof Johann Albrecht wieder in seine Ämter als Erzbischof von Magdeburg und Bischof von Halberstadt einsetzte. Sämtliche Untertanen werden aufgefordert, die bischöflichen bzw. erzbischöflichen Würden Johann Albrechts anzuerkennen und ihm zu huldigen. Bei Zuwiderhandlung droht ihnen die kaiserliche Ungnade und die Aberkennung all ihrer Privilegien und Freiheiten. Die Verwalter der Güter im Erzstift Magdeburg und im Stift Halberstadt werden aufgefordert, sorgfältig Rechnung über den Zeitraum von Januar 1547 bis Juli 1548 abzulegen.
