Spätestens im Jahre 979 haben hier auch Grafen von sich reden gemacht, namentlich Graf Gero von Alsleben, der mit seiner Gemahlin Adela ein Jungfrauen-Stift des Benediktiner-Ordens für 34 Jungfrauen gründete und dem heiligen Johannes weihen ließ.
Die Stiftung wurde von Kaiser Otto II. am 20. Mai 979 bestätigt und bekam von ihm die gleichen Privilegien und Freiheiten wie die Stifte Quedlinburg und Gandersheim zugesprochen. So hatten die Nonnnen das Recht, ihre Äbtissin und den Vogt frei zu wählen. Zudem erhielt das Stift Immunität, war also von Steuern und Abgaben befreit.
Das Kloster etablierte sich als freie weltliche Abtei (sogen. Immediats-Stift), die dem Kaiser unmittelbar unterworfen war.Kaiser Heinrich II. bestätigt diese Privilegien am 22. März 1003.
Nach der Hinrichtung des Grafen Gero von Alsleben am 11. August 979 brachte dessen Tochter Adele bei ihrer Vermählung mit dem Grafen Siegfried von Stade im Jahre 994 den Ort in die Besitzungen derer von Stade. Dessen Ururenkel Heinrich war der letzte Graf zu Alsleben und starb am 04. Dezember 1128. Daraufhin verkaufte seine Mutter Irmgard von Plötzkau Schloss und Stadt Alsleben an den Erzbischof Norbert zu Magdeburg.
Die Abtei St. Johannes jedoch befand sich immer noch in den Händen Kaiser Lothars III., zu dieser Zeit eigentlich noch König (Lothar III. wurde erst im Jahre 1133 zum Kaiser ernannt).
Mit dem Tausch des Schlosses Schartzfeld (heute Ortsteil von Herzberg am Harz) für die Abtei St. Johannes in Alsleben am 09. Februar 1130 brachte Erzbischof Norbert endlich die gesamte Grafschaft Alsleben in den Besitz des Erzstiftes Magdeburg.
Das Stift blieb bis zu Zeiten Erzbischof Ernsts ein Nonnen-Kloster, wurde jedoch aus unbekannter Ursache von den Nonnen verlassen und danach (spätestens 1489) in ein Kollegiat-Stift umgewidmet und von Kanonikern bewohnt.
Im Jahre 1561 vereinnahmte der (letzte vom Papst bestätigte) Erzbischof Sigismund das Stift mit all seinen Einkünften in das Erzstift Magdeburg. Später gelangte es in den Besitz derer von Krosigk. Da dürfte es aber schon unbewohnt gewesen sein. Die Stiftskirche wurde jedoch noch länger genutzt.
