Die Kapelle war dem heiligen Nikolaus gewidmet, der als Patron der Schiffer, Fischer und derer in Wassernot gilt.
Nikolaus wurde um 280 in Lykien (heute Teil der Türkei) in der Küstenstadt Patara geboren und starb um 345 als Bischof von Myra (heute Demre, Türkei). Ihm werden zahlreiche Wunder nachgesagt.
So soll er beispielsweise dem Hilferuf einiger Seeleute während eines Sturms gefolgt sein, die Navigation des Schiffes übernommen und sogar den Sturm gestillt haben. Aus dieser Legende leitet sich wohl sein Patronat ab.
Überdies gibt es die Geschichte von einem armen Manne, der 3 Töchter unter die Haube zu bringen hatte, jedoch nicht die Mittel für die Mitgift aufbringen konnte. So hätte der heilige Nikolaus diesem Mann des Nachts wohl etliche Beutel Geld in die Stube geworfen. Nun konnten die Töchter ausgestattet werden. Auf diese Episode geht der noch heute übliche Brauch zurück, den Kindern jedes Jahr am 06. Dezember kleine Geschenke zu machen.
Doch auch mit einem so mächtigen Patron blieb die Kapelle nicht von Unbill verschont. Im Jahre 1445 brannte sie bis auf den Grund ab und wurde danach wieder aufgebaut. Ein Hochwasser reichte im Jahre 1469 sogar bis an die Kapelle heran. Ein Jahrhundert später, die Reformation hatte sich in Halle längst durchgesetzt, wurde die Kapelle abgebrochen und die Steine zum Bau des neuen Klaustores und der Klausbrücke verwendet.
Peter Baldewin war Bürger der Stadt Halle und vermutlich Pfänner. Seine Witwe Richardis hatte ihr Vermögen ihren Verwandten, den Herren von Kotze und von Northausen vererbt, zu dem unter anderem die Erlöse aus einer Pfanne (etwa 0,5 Kubikmeter) des Deutschen Brunnens und einem Nößel (etwa ½ Liter) aus dem Meteritzbrunnen zählten.
Hermann, Heinrich und Ulrich von Kotze und Conrad, Johannes und Cuno von Northausen stiften dem Altar St. Catharina in der Kapelle St. Nicolai aus diesem Erbe insgesamt 41 Groschen und ein Stübchen (etwa 3,6 Liter) französischen Wein. Diese Stiftung wird dem Propst des Klosters zum Neuen Werk als Erbzins überlassen, um an besagtem Altar jede Woche 4 Messen zu Ehren der Verstorbenen lesen zu lassen.
Erzbischof Friedrich III. bestätigt diese Stiftung.
