Im Laufe der Jahrhunderte gewann das Kloster großen Einfluss um Halle und gelangte durch Schenkungen und Käufe zu großem Reichtum. Seine Einkünfte sollen denen einer guten Grafschaft des Heiligen Römischen Reiches entsprochen haben.
Viele der Augustinermönche verließen während der Reformation das Kloster und wurden teilweise weltlich und begaben sich in den Ehestand.
Der letzte Propst des Klosters zum Neuen Werk, Simon Greyl, war ein Günstling Kardinal Albrechts und übernahm sein Amt im Jahre 1523. Er war aber nicht im Stande, das Kloster in guter Verfassung zu halten und überließ daher im Jahre 1525 erst die 3 Pfarren zu Halle und das Erzdiakonat des hallischen Kirchensprengels dem Erzbischof Kardinal Albrecht.
Am 28. April Ao. 1528 dann erfolgte die Übergabe des gesamten Klosters samt all seiner Güter und Einkünfte an Kardinal Albrecht. Der Propst und der gesamte Konvent stellten jedoch die Bedingung, dass sie mit Nahrung und Kleidung versorgt werden sollten. Dies gestand Kardinal Albrecht auch gerne zu und wollte den Mönchen die Hälfte ihrer bisherigen Güter zum Unterhalt geben und sie in das schon verlassene Serviten-Kloster in der Galgstraße setzen.
Nachdem sie aber in dieses Kloster nicht ziehen wollten und im Jahre 1529 viele der Mönche an der Pest gestorben waren, so dass nur noch 4 Mönche neben dem Propst übrig blieben, wurden sie 1530 in dem von Kardinal Albrecht eingerichteten Neuen Stift aufgenommen. Die Güter und Einkünfte des Klosters zum Neuen Werk wurden dem Neuen Stift mit Einwilligung des Papstes, Kaisers und des Magdeburger Domkapitels zugeschlagen.
