Obwohl er bei seinem Amtsantritt noch sehr jung war, hat er wohl weise und friedfertig regiert.
In den Streitigkeiten mit den Erzbischöfen hatten bisher die Städte Magdeburg und Halle fest zusammengestanden und ihre Handlungsweisen miteinander abgesprochen. So war es auch üblich, die Huldigung einem neuen Landesherrn gegenüber in gegenseitiger Absprache vorzunehmen.
Doch dieses Mal leisteten die Magdeburger dem neuen Erzbischof ihre Huldigung, ohne vorher mit den Hallischen beraten zu haben. Die Hallenser, angestiftet von ihrem Stadthauptmann Henning Strobart, zierten sich und legten erst ein Jahr später den Treueeid ab.
Als Erzbischof Friedrich III. feierlich zu Magdeburg begrüßt wurde und der Rat mitsamt den ansässigen Ständen und Innungen dem Landesherrn Treue und Gehorsam geschworen hatte, erteilte ihnen Friedrich einen Huldebrief, in dem der Stadt ihre Privilegien und Freiheiten bestätigt wurden. Außerdem bekannte sich Erzbischof Friedrich III. zur Anwendung des sächsischen Rechts in seiner Diözese.
Am 21. August Ao. 1446 leistete auch Halle dem Erzbischof den Huldigungseid und erhielt ebenfalls das Privilegium, Rechtssachen nach sächsischer Art zu entscheiden.
