Philipp Friedrich Theodor Meckel hat sich um die Entwicklung der Universitätsstadt Halle große Verdienste erworben. Er ist der Sohn des Berliner Anatomen Johann Friedrich Meckel d. Ä. (1724-1774), des Stammvaters der berühmten Ärztefamilie Meckel Edle von Hemsbach. Bereits mit 22 Jahren erwarb er den Doktorgrad. 1777 wurde er zum ordentlichen Professor für Medizin und Anatomie an die hallesche Universität berufen. Zwei Jahre später kam er nach Halle und übernahm die Professur für Anatomie, Chirurgie und Geburtshilfe. Seine Berufung nach Halle war für die hallesche Universität ein großer Gewinn, schon deshalb, weil er die vom Vater geerbte und für die Lehre bedeutsame anatomische Sammlung mit in die Saalestadt brachte.
Der anatomische Unterricht erreichte unter Philipp Meckel ein hohes Niveau. Er war nicht nur ein leidenschaftlicher Anatom, sondern auch ein angesehener erfolgreicher Arzt. Er wirkte in den Hütten der Armen wie in den Häusern der Reichen und den Schlössern der Fürsten als heilbringender Retter und Helfer, so zu lesen in einer öffentlichen Anzeige vom 19. März 1803. Er setzte sich mit großem Eifer für die Chirurgie als gleichberechtigtes medizinisches Fachgebiet und für die Einrichtung einer chirurgischen Klinik in Halle ein. Philipp Meckel war ebenso ein ausgezeichneter Geburtshelfer. 1798 reiste er nach St. Petersburg, um die Zarin Maria Feodorowna zu entbinden.
Um 1800 erkrankte Philipp Meckel schwer und starb am 17. März 1803. Zu Lebzeiten hatte er schriftlich verfügt, dass er nach dem Tod seziert, skelettiert und sein Skelett in einem Schrank aufgestellt wird. Sein Skelett wurde zum Bestandteil der Meckelschen Sammlung. Die Familie setzte die Überreste am 21. März 1803 auf dem Stadtgottesacker im Bogen 76 bei. Die Söhne Johann Friedrich Meckel d. J. (1781-1833), der berühmteste Vertreter der Meckel-Familie und Namensgeber des nach ihm benannten Diverticulum ilei, und Albrecht August Meckel (1789-1829) setzten die anatomische Tradition des Vaters fort.
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