Die Franckeschen Stiftungen sind bereits seit ihrer Gründung eng mit der Universität verbunden. Die Zusammenarbeit in Forschung und Lehre gestaltet sich auch heute vielfältig und lebendig.
Auf dem Stiftungsgelände sind zwei Fakultäten der Universität angesiedelt sowie mehrere interdisziplinäre Wissenschaftszentren. Die Franckeschen Stiftungen betreiben ein Studienzentrum mit zahlreichen Drittmittelprojekten. Thomas Müller-Bahlke hat neben Lehrveranstaltungen zahlreiche Veröffentlichungen zur Geschichte der Franckeschen Stiftungen vorgelegt.
