Das Schloss war Stammhaus derer von Ammendorf und ist seit mindestens 1264 bekannt, als Heinrich von Ammendorf ein kleines Augustiner-Kloster neben der Dorfkirche St. Nicolai gegründet hat.
In der Fehde mit Erzbischof Burchard III. war Schloss Ammendorf an den Rat der Stadt Halle gekommen und hat in der Folgezeit mehrfach den Besitzer gewechselt.
Im Jahre 1387 hat Erzbischof Albrecht IV. dem Hermann Kotze das Dorf Beesen mit Ober- und Untergerichten geschenkt und die Familie hatte damit auch pfandweise das Schloss Ammendorf in Besitz.
Hermann vom Kotze ließ eine neue Kirche erbauen, die der heiligen Katharina geweiht wurde. Diese Kirche wurde der Pfarre zu Radewell zugeschlagen. Am 15 April Ao. 1394 löst der Probst des Moritzklosters zu Halle, Johannes Malderitz, diese Verbindung der Kirche St. Katharina mit Radewell auf und verbindet sie mit der Dorfkirche St. Nicolai zu einer eigenen Pfarre.
Nun sind die Kirchen baufällig geworden und bedürfen der Reparatur. Deshalb bittet Erzbischof Ernst am 16. August Ao. 1504 alle Menschen in seiner Diözese um Gelder für die Bauarbeiten und verspricht jedem Spender 40 Tage Ablass.
