Johann Albrecht war schon am 17. Mai Ao. 1550 verstorben. Der Stuhl des Erzbischofs blieb jedoch verwaist, weil Friedrichs Vater, der Kurfürst Joachim II. Hector von Brandenburg die Ausübung der evangelischen Religion in der Mark Brandenburg freigegeben hatte und daher der Papst den Sohn nicht als Erzbischof bestätigen wollte.
Kurfürst Joachim II. schickte daraufhin zwei Gesandte auf das Konzil zu Trident, um den Papst zum Einlenken zu bewegen. Nach einigem Hin und Her gab der Papst schließlich nach und ernannte gegen Ende des Jahres 1551 Markgraf Friedrich IV. von Brandenburg zum Erzbischof von Magdeburg.
Zusätzlich wurde Erzbischof Friedrich IV. im Jahre 1552 noch Bischof von Halberstadt, wo er gleich nach seiner Amtseinführung am 03. Oktober Ao. 1552 verstarb. Den Gerüchten um einen Giftmord wurde noch durch die Tatsache Vorschub geleistet, dass der Tod Friedrichs einige Zeit geheim gehalten worden war.
Erzbischof Friedrich IV. starb im zarten Alter von 21 Jahren und hatte nur 25 Wochen das Amt des Erzbischofs inne. Daher ist von ihm, außer einer verschwenderischen Hofhaltung, nicht viel zu berichten.
Ein Dokument jedoch ist aus seiner Amtszeit überliefert. Am 05. August Ao. 1552 ordnete er an, dass im Stift St. Sebastian in Magdeburg keine unehelich geborenen Herren als Kanoniker aufgenommen werden dürfen.
Das Stift St. Sebastian wurde im Jahre 1015 als Kollegiatstift gegründet. Die Kanoniker wandten sich im Jahre 1558 vom katholischen Glauben ab und wandelten 1573 das Stift in ein protestantisches Stift um.
Die ehemalige Stiftskirche ist heute die Kathedrale St. Sebastian des Bistums Magdeburg und gehört zur Straße der Romanik.
